El nacimiento del Instituto CISALVA se remonta al periodo de gobierno municipal de Santiago de Cali, comprendido entre 1992 y 1994. Durante ese perido, uno de los programas bandera del Municipio fue la Consejería para el Desarrollo, Seguridad y Paz – DESEPAZ, cuyo objetivo era formalizar a través de una política local, todos los esfuerzos que permitieran la construcción de convivencia en la ciudad y en ese sentido, se desarrollaban tareas en diferentes frentes.
El interés sembrado en aquella época, fue retomado desde la academia por docentes de la Universidad del Valle, que con el fin de darle continuidad a estos esfuerzos y abrirles espacio en contextos de formación que garantizaran su sostenibilidad, crearon cátedras que permitieran introducir el enfoque de la salud para la prevención de violencia en la formación de los estudiantes del área de medicina. Un ejercicio como éste, además de lo avanzado hasta ese momento en términos de política pública y de formación académica requería desarrollos en la producción de conocimiento, así que se decidió constituir el Centro de Investigación “Salud y Violencia” en 1995, con la intención de aportar en la identificación de factores asociados a la violencia, de las relaciones existentes entre ellos y por esa vía, a la construcción de propuestas para su abordaje.
Un año después, en marzo de 1996, el centro fue designado colaborador de OPS/OMS para la región latinoamericana en promoción de la convivencia ciudadana y prevención de lesiones y violencia. En 1997, el Consejo Superior de la Universidad del Valle aprobó la conversión del centro en el Instituto de Investigaciones y Desarrollo en Prevención de Violencia y Promoción de la Convivencia Social, CISALVA.