Estás en el lugar y momento equivocado. Cruzas la calle y al dar la vuelta a la esquina la casualidad, la corrupción policiaca y el crimen callejero tienen una cita contigo. En un segundo eres presa del sistema jurídico mexicano, que te condena a 20 años de cárcel, donde se te imputa un asesinato que no cometiste y ni siquiera pudiste conocer al juez que te sentenció.

Así empezó la pesadilla de Toño Zúñiga, un tianguista de Iztapalapa que en sus ratos libres se dedicaba al hip-hop y que el 12 de diciembre del 2005 es levantado violentamente por una patrulla de judiciales que lo relacionan con un retrato hablado que no tiene nada de parecido a su semblante. Pronto, el joven de 26 años está tras las rejas, lejos de una defensa profesional y calificada y de cualquier oportunidad de salir.

Ésta es la historia de un encuentro inusitado entre Toño, uno de los 11,000 reos cautivos en el Reclusorio Oriente y dos académicos investigadores jóvenes: Layda y Roberto. Los tres, con la ayuda de una cámara, documentan el caso con la esperanza de sacudir un sistema que rutinariamente encarcela inocentes..

Filmada a lo largo de dos años en los tribunales y la cárcel de la Ciudad de México, Presunto Culpable sigue paso a paso la nueva defensa de Toño, quien en momentos parece ser presa de un escenario kafkiano donde el sistema lo presume criminal y en donde a la policía se le premia por llenar las cárceles sin que haya interés real de hacer justicia.